四川阿坝工业园区是在原四川能源高耗能工业经济开发区（即汶川水磨工业园区）的基础上发展起来的。1998年2月，四川省人民政府（川府发[1998]59号）批准成立四川省能源高耗能工业经济开发区，作为电冶结合，发展高耗能工业的试点地区。

　　2003年6月，阿坝州人民政府决定正式设立阿坝州工业经济园区和阿坝州牦牛经济园区。2006年8月，国家发改委在对全国经济开发区进行清理整顿后，正式确认阿坝州工业经济园区为省级开发区（川发改经济综合[2006]532号），阿坝州工业经济园区更名为四川阿坝工业园区。2007年4月，阿坝州牦牛经济园区合并到四川阿坝工业园区，牦牛经济园区的牌子继续保留，实行两块“牌子”一套人马的管理办法。

　　四川阿坝工业园区管理委员会，直属阿坝藏族羌族自治州人民政府，为正县级参公事业单位，下设五个科室、一个办事处：即办公室、规划建设科、企业登记管理科、工业产业科、畜牧产业科、红原办事处。